激光治疗尖锐湿疣虽然治疗率高。但副作用大，激光治疗术前要注射麻药，治疗时用高能激光束烧焦疣体，使其碳化，因外阴部神经丰富，尖锐湿疣患者通常要忍受比较强烈的疼痛，治疗后局部出现红肿、疼痛、烧灼感及溃疡形成，如病灶过大，或病灶过多，需分次治疗，治疗需时长，复发率亦高。激光烧灼疣体时，疣体部分。因高温引起病毒颗粒蒸汽散落在手术野周围而播种，可引起亚临床感染，这种疗法需要一定的条件及操作技术，操作不当，尖锐湿疣治疗深度不够等均是复发原因。
激光治疗的原理是去除病变疣体，我们打个比方：类似发芽的土豆，我们把发出来的胚芽用刀割掉，不久后仍然会再次长出新的胚芽来。尖锐湿疣用激光治疗亦是如此，无论疣体打掉多少次，只要表皮细胞中还有HPV病毒感染，就很容易再次长出新的疣体，导致复发。
尖锐湿疣复发的根本原因是HPV病毒没有彻底清除，HPV病毒感染才是导致湿疣病变的病因。所以，反复复发的患者要回想一下自己的治疗过程，是否治疗方式过于单一，比如反复做激光、反复用外用药物等。单一的、治标不治本的方法都会引起疾病复发，无法去根。
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